奇艺坊马戏团在马来西亚巡回演出，团员们偶然听说二战时期日本人留下的宝藏的消息。在飞刀高手张大初（邹兆龙 饰）的带领下，他们一行五人杀害寻宝者，一心想成为飞刀行家的小人物桑尼（郭富城 饰）尾随前来，亲眼目睹大初一众行凶全过程。他被迫随众人下洞，却无意开启日军留下的生化武器。经过一番难以想象的艰苦磨难，桑尼侥幸逃生，却变成奇怪的摸样。　　与此同时，香港接连发生数起抢劫案。行凶者赤手空拳，手段残忍，他们正是受毒气感染发生变异的张大初等人。这一连串事件震惊全港，警方从内地请来个中高手孙皓（吴京 饰）与程秀华（张静初 饰）协助调查。而桑尼也摇身一变成为与邪恶对抗的正义使者…

　香港地区一起杀人案的唯一目击证人Michelle（钟丽缇 饰）正被杀手追杀，因为其未婚夫是与大陆高层关系密切的富商，身手不凡的中国特警许正阳（李连杰 饰）便被中央委派去香港保护Michelle。　　两人初接触时互看两生厌，但慢慢都发现了对方的优点并产生了感情，然而因为身 份和工作性质，许正阳尽量将感情压抑，却免不了在刻意回避时患得患失，就在两人感觉无从择决时，一个异常危险的杀手悄悄靠近了他们。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗

　重案组沙展马军（甄子丹 饰）致力抓拿犯罪分子，身手不凡的他由于抓贼心切常常出手过重。警方一直搜集越南帮兄弟阿渣（吕良伟 饰）、Tony（邹兆龙 饰）、阿虎（行宇 饰）的犯罪证据，于是派出了华生（古天乐 饰）以卧底的身份潜入他们之间。三兄弟为人心狠手辣，想铲除掉眼中钉阿山。阿渣被抓后，Tony也识破了华生的真实身份，要将华生以及其他证人通通杀掉，救出大哥。华生女友秋堤（范冰冰 饰）被挟持，华生不得不放弃指证阿渣。华生与女友都抓走当人质，马军也带着阿渣去营救华生

皮埃尔（洪金宝 饰）在上司阿石（金城武 饰）的带领下破获了一宗大型毒品交易案，没收了大量毒品，将它们作为证据存放在警察局中。这批毒品系日本商人山本所有，为了销毁证据替自己脱罪，山本派出了一群亡命之徒狂徒帮，设计潜入警局夺回毒品。　　最终，毒品被偷走了，但警方活捉了其中一名 罪犯。于是，狂徒帮绑架了皮埃尔的女友柔情（周海媚 饰），想同警方交换人质。心急如焚的皮埃尔找到了同事兼好友王郁文（元彪 饰），虽然两人先前有着因为小小误会而产生的矛盾，却在之后的相处中结下了深厚的友谊。皮埃尔、王郁文一行人深入敌后里应外合，同犯罪分子展开了激烈的较量。

掌管灯台的金毛鼠精乘如来佛祖在化龙池闭关之际，封锁化龙池，假传如来法旨，以地涌夫人身份掌管人间，被斗战胜佛孙悟空撞破。地涌夫人假扮唐僧，用如来降魔杵将孙悟空打落凡间。各路神仙不敢违抗如来法旨，暗中派出门下弟子，前往人间拯救悟空。悟空化身凡胎归儿，与半人半狐的朝颜二人行骗江湖为生。二人来到东胜村，认识了被误认为是悟空转世的猊小九与扶摇仙子。在扶摇的指导下，归儿明白了法力源自于自身，而并非是从他处索取。虽然归儿从倪小九获得了法力，但最终还是依靠归儿自己变身成孙悟空战胜了地涌夫人拯救了苍生。

炼锋号铸刀厂大弟子定安（赵文卓饰）被师父选为继承人，后来他知晓了父亲乃惨死于马贼恶汉飞龙（熊欣欣饰）刀下，大殿供奉的断刀正是亡父的遗物。定安带断刀出走，师父女儿向灵（桑妮饰）为爱而追寻，却被马贼所掳，定安舍身相救时竟不幸右手被斩堕下山崖。 　　断手后定安自思报仇无望，本想就此退隐江湖，不料又拾得半本绝世刀谱，于是决心秘密练刀为父报仇。可又因刀谱残缺无法练成，最后定安苦思之后自创独臂断刀刀法，他能否救得了危难中的炼锋号并手刃杀父仇人飞龙？

重案组沙展马军（甄子丹 饰）致力抓拿犯罪分子，身手不凡的他由于抓贼心切常常出手过重。警方一直搜集越南帮兄弟阿渣（吕良伟 饰）、Tony（邹兆龙 饰）、阿虎（行宇 饰）的犯罪证据，于是派出了华生（古天乐 饰）以卧底的身份潜入他们之间。三兄弟为人心狠手辣，想铲除掉眼中钉阿山。阿渣被抓后，Tony也识破了华生的真实身份，要将华生以及其他证人通通杀掉，救出大哥。华生女友秋堤（范冰冰 饰）被挟持，华生不得不放弃指证阿渣。华生与女友都抓走当人质，马军也带着阿渣去营救华生。

高进（黎明）在同师父千王靳能（钟景辉）学过将近10年技艺后，熟练掌控一切千门技巧，加上与靳能的女儿靳轻（梁咏琪）情投意合，17岁的他可谓春风得意，为了与靳轻风风光光的成婚，他答应靳轻将事业推向高峰，决定参加在澳门举行的新一届“赌神大赛”。 　　令他没想到的是自己会马失前蹄。高进大赛中被靳能出卖，虽因爱慕他的细七（袁咏仪）与好友龙五（陈小春）伸手相助得以侥幸保命，却也几乎成为废人。在细七的精心照料下，高进奇迹般痊愈，晓得了事情的真相，同时发现多年前父亲死的真正原因，新仇加旧恨促使他振作，决意与师兄高傲（吴镇宇）及靳能在赌桌上再战生死，取回属于自己的东西。