奈叶（田村由香里 配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈 配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。　　某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美 配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的出现意味着，有一场阴谋正在秘密展开。

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎 配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱 配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美 配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织 配音）。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……　　本片根据竜ノ湖太郎（文）、天之有（插画）的原作改编。

故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们出现了，在她们的体内，栖息着舰艇之魂，亦是明日呢化身成为各式各样的战舰，为了人类的和平做着不懈的努力。　　平日里，舰娘们在名为“镇守府”的大本营里进行日常生活和训练，某日，一位名叫吹雪（上坂堇 配音）的活泼女孩出现在了大家的面前，初来乍到的她踌躇满志，热情满满地加入了舰队的新生活中去，在这里，充满了精彩和刺激的日常就此展开。

虽然出身于历史上最著名的犬神使家族，但川平启太（福山润 配音）似乎并没有继承祖先接触的御神能力，甚至因为能力平庸而被逐出了家门。所以，当犬神阳子（堀江由衣 配音）出现在他的面前，并且愿意和他签下契约的时候，启太想也没想就同意了。没想到，阳子是犬神中的另类分子，异常暴躁又容易暴走的性格和启太的不学无术和自暴自弃倒是十分的匹配。　　作为启太的表哥，川平薫（甲斐田幸 配音）有着无人可能超越的，同时御有十位犬神的传奇人物，但看似声名显赫的薰的内心里却还有着不能说出的秘密。启太和薰的相遇，阳子和薰那十位美艳娇俏的犬神的相遇，会迸发出怎样有趣惊险的故事呢？

没有血缘关系的都筑巧（冈本信彦 配音）和都筑乙女（佐藤聪美 配音）经营着一家生意惨淡的西点店“stray cats”，乙女天然呆和什么东西都喜欢往家捡的个性让巧十分头痛，同时，她制作糕点的技术和经营管理店面的技巧也给本身就岌岌可危的西点店雪上加霜。但是，在亲梅竹马泽文琴乃（伊藤加奈惠 配音）的帮助下，巧的日常还算是风平浪静。　　一切都在这一天发生了翻天覆地的变化，乙女居然捡回了一只外表怎么看都像是傲娇少女的“流浪猫”！“猫”的名字叫做雾谷希（竹达彩奈 配音），本来大叫着“丢掉她”的巧，却折服在了希在蛋糕制作方面的惊人手艺之下而将其留下帮忙。就这样，在一群损友的陪伴下，巧与流浪猫的快乐生活开始了。

这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。社会上的大部分都交由名为hIE的人型机器人管理的世界。17岁的少年·远藤新人，某天与一台人型机器人·蕾西亚相遇，并与之缔结了主从契约。外表与人类一模一样的“那个物体”，是具备震惊世界性能的超高性能AI所诞生出来的，超越人智的五台人型机器人“人类未到产物”之一——。　　五台机体各自拥有自身的意义，为了得到对方的性能而开战。　　仅仅只能旁观这场战斗的大人们，与接近这一存在、试图建立新的关系的少年们。他们寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。　　过度进化的机械，与人类世界的联系是什么？　　在过于便利的这个时代，什么是重要的，什么是必要的，新人通过与远优于人类的人型机器人·蕾西亚的相遇，寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。

榛名优（小林裕介 配音）是刚刚搬到东京来生活的平凡少年，沉默寡言的他个性十分内向，唯有依靠手机来派遣心中的所思所想，所以在外人眼中，榛名优就是一个整天抱着手机的“低头族”。一次偶然之中，榛名优邂逅了名为秋月风夏（Lynn 配音）的少女，和自己不同，风夏竟然连手机都没有，这让榛名优感到十分不可思议。　　风夏是乐队“The fallen moon”的主唱，在她的邀请之下，榛名优加入了乐队成为了贝斯手，一段懵懂的感情在两人之间慢慢酝酿。与此同时，榛名优在网络上和自己曾经青梅竹马的玩伴冰无小雪（早见沙织 配音）重逢了，如今的小雪已经成为了在日本名声大噪的偶像歌手。

这个世界分为善和恶两个部分。恶魔塔罗牌掌控着属于恶的黑暗世界，而自然塔罗牌则身为抗衡黑暗的存在，一直制约着恶魔塔罗牌对于世界的吞噬。太阳灯里（门胁舞以 配音）是一个平凡的少女，幻想着能够成为和母亲一样的塔罗牌占卜师。一天夜里，灯里突然遭到了魔物的袭击，塔罗牌的力量将灯舞带进了一个魔幻的世界之中国，在那里，灯舞是手持长剑的剑士。　　原来，这个世界上存在着拥有成为精灵塔罗牌的使用者的特殊能力的少女，而灯里就是其中一个。在灯里的力量觉醒之后，她被相关部门带往了一所专门保护和训练这样的少女的学校之中。

这是一个神灵真实存在的世界，正如神话中所流传的那样，诸神在各自的领域中发挥着不同的作用。但是，逐渐的，有一些邪恶的神开始无法安分守己，他们的欲望和权利想要的到伸张，也会带来毁灭性的灾难。于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。　　草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人。