宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！　　这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。

继圣母在上第一季大受欢迎后，日方再接再厉，推出该动画的第2季，继续讲述淑女们在莉莉安优雅的生活。到底佑巳和祥子她们的关系会怎样发展？我们拭目以待。　　私立莉莉安女子学院　　创立于明治34年，是一所以历史悠久，校风优雅而闻名的名门女子私立学校。在武藏野肥沃的绿地上，坐落着此学院的幼儿园，小学，中学，高中，大学（文学部和家政部），研究生院。彻淑女教育，培育谨慎谦恭，学识丰富，教养好的淑女是这个学校的传统之一。　　通往学校的路道两边栽满了樱花树，一进校门，你会看见并排的银杏树，再往前岔道的地方，有着这个学校的标志性建筑——玛利亚像　　私立莉莉安女子学院学生的气质　　私立莉莉安女子学院，原本是为了贵族的千金而创建的女子天主教学校，专门培养清纯的贵族女孩子。　　这个女子学园高年级的同学在相互叫同辈的名字时也不忘加上“某某小姐”的称呼，而在称呼比自己年长的同学时则称「您」。打招呼时常说「祝您一切安好」。　　让裙子的衣角不起褶皱，让洁白的水手领不散开，慢慢的走路也成了修养的一种。当然，快迟到时踉踉跄跄的跑进教室的学生总还是存在的。其实，就好象是追求的画卷里所描绘的那种“有古典气质的女子”一般。在战争之前，使这种女子文化气质代代相传的原因，是因为这些女孩子的母亲也大多是这所学校所毕业的罢了　　私立莉莉安女子学院的「姐妹（Soeurs）」体系　　在这个学园的高等部有称作「姐妹（Soeurs）」由学生自主领导的体系。　　这是为了维系这个学校清纯正直的校风，由ロザリオ的主张所建立的，由年长的姐姐负责指导年幼的学妹，教会她们什么叫做淑女的美。一个姐姐只能带一个妹妹，这是一种契约，必须让周围的人都承认她们两人是最亲密的姐妹关系才可以。这套系统自它被创立以来一直稳定连续的运行着。　　私立莉莉安女子学院的学生会　　这个学院的学生会「山百合会」，被称作红、白、黄蔷薇的3人干部组织所管理。　　3蔷薇各自有个自的特色，分别称为「红蔷薇(罗莎吉乃希斯)永远都很沉着冷静，很有礼仪，做事认真的优等生。」，「白蔷薇(罗莎基莰提尔)得到绝大多数低年级学生的支持」，「黄蔷薇(罗莎菲迪特)做事冷静，总能达到中上等」，为了利于学生会的发展将自己的妹妹作为助手。　　蔷薇的妹妹们，被「花蕾」（分别是，「红蔷薇花蕾(罗莎 吉乃希斯 安 乌顿)」，「白蔷薇花蕾(罗莎 基莰提尔 安 乌顿)」，「黄蔷薇花蕾(罗莎 菲迪特 安 乌顿)」）　　「山百合会」的据点在依树而建的「蔷薇之馆」，这里就是学生会的中枢。　　私立莉莉安女子学院的制服　　采用了类似绿色但又偏黑的无光泽布质，怎么看都是上等材料。象牙色的水手服上缀着一条黑色的带子，打个结就成了领结。　　现在，流行穿单布条的超短薄裙，配上三折式的白袜子和芭蕾舞鞋式凉皮鞋。　　圣母在上第二季STAFF

联合地球历192年，来自外太空的神秘生物入侵地球，它们大肆破坏，屠杀人类，地球变成一片火海，人类文明危在旦夕。　　某天，外宇宙开发基地发现并拯救了一名从空中坠落的男子，从该男子口中，他们得知外星入侵者名叫“拉达姆”，但关于外星人的动机和该男子的来历却一概不知。不久后，人们发现这个男人竟拥有和入侵者对抗的强大实力，而他变身成为的宇宙骑士却和“拉达姆”的凶残战士们何其相似！　　代号狄波威（D-Boy）的神秘男子，他究竟是什么人？救世主？抑或终结者？

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。 　　身为帝国王子的鲁路修，为了建立人人平等的世界、让妹妹娜娜丽幸福的世界，而使用GEASS，令人绝对服从的力量，带领黑色骑士团向帝国宣战。带上假面化名ZERO的他，却在一年前的“东京决战”中被好友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。 　　现在，恢复记忆的鲁路修不仅要面对帝国的强大军事力量，更要面对虚假的弟弟罗洛、失踪的妹妹娜娜丽、不知敌友的中华联盟、内部出现分歧的黑色骑士团。面对内忧外患，鲁路修走上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之路。