琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

苍月潮（畠中祐 配音）是一位身体瘦弱的平凡国中生，一次偶然中，潮在地下室里遇见了一只被封印长达五百年之久的妖怪，并于无意之中拔出了封印它的“兽茅”，使得妖怪重返人间。潮身上所爆发出来的惊人力量令妖怪震惊，它当即表示臣服于潮，于是，潮替妖怪取名“虎”（小山力也 配音）。　　成为了兽茅的继承人，潮的肩上负担起了斩妖除魔维护和平的使命，各路妖怪亦循迹而来，向他发出了挑战。在不断的合作和战斗之中，潮和虎之间结下了深厚的友谊，而两人亦被卷入了一个波及到整个世界的阴谋之中，而躲在兽茅背后的各路人马也一一出现在潮的身边。