这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。　　拥有特殊能力的栗山未来，引起了异界士名门望族名濑家的注意。与秋人同为文艺部的名濑美月（茅原实里 配音）即是名濑家的次女，她嘱咐秋人远离栗山。肆虐的妖梦，孤独行走于世的异界士，以及罕有的半妖，在境界的彼方展开一个奇异的幻想故事。

公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。 180年后，到了公元2356年，人类在地球、火星、土星、木星等各行星上都建立了巨大的宇宙基地，而为了在这些宇宙基地间建立有效的联络，在各行星之间还建立了许多太空站。在其中的一座空间站上有一座名叫“星之路”的宇宙学院，这座学院的任务就是培养有能力完成特殊任务的少年宇航员。本作的主人公片濑志麻就是这座学院中的一名学生。刚进入学院，片濑志麻和其他学员一样对新的学习生活很不适应，但同龄人之间的友情使大家都得到了不小的帮助，生活也渐渐进入正轨。片濑志麻还认识了一个名叫音山光太的男孩，两人很快就成为了好朋友。而且，一种朦胧的恋情也渐渐的在他们之间产生。平静的生活并没有维持多久，学员们开始接受严酷的训练，更有关系到地球存亡的重大任务让他们去完成，志麻和他的同学们能经受住这样的考验吗？

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......