1962年10月14日，一则由飞临古巴上空U-2侦察机所拍摄照片中透露的情报信息，引发了一场当时世界两大超级大国美国与苏联之间的空前危机。美国情报官员在这组情报资料中发现，苏联正在距离佛罗里达不到150公里的古巴首都哈瓦那西南的圣克利斯托瓦尔修建基地，部署中短程导弹和运 载核武器的伊尔-28重型轰炸机，这些导弹足以摧毁全美各大城市并且造成重大伤亡。全美上下陷入极度恐慌之中，也将整个世界推向了核灾难的边缘。总统约翰·肯尼迪（布鲁斯·格林伍德 Bruce Greenwood 饰）和其弟罗伯特·肯尼迪（斯蒂文·卡普Steven Culp 饰）沉着应对这场一触即发的核战危机，影片透过白宫高级特别助理肯尼斯·奥唐纳（凯文·科斯特纳 Kevin Costner 饰）之眼，再现了危机重重的惊天十三日。

一直以来，黑人青年卡尔（小库珀·古丁 Cuba Gooding Jr. 饰）都将成为美国海军中的一员当做自己的毕生理想，然而，当他真的加入到了海军队伍中去之后，卡尔才发现，现实远不如想象中美好。在种族歧视之风盛行的军队里，卡尔理所当然的成为了众人伤害和排挤的对象，但个性坚韧的卡尔却并没有因此而退缩和气馁，正相反，他通过比别人多百倍的努力和出色的成绩证明了一个人的成功和失败与肤色无关。 　　比尔（罗伯特·德尼罗 Robert De Niro 饰）的出现让卡尔坚定了想要进入潜水艇搜救队的信念，然而，这支秉性白人至上主义的团队中，还未曾有过黑人加入的先例。通过近两年的不懈努力，卡尔终于加入了潜艇队的训练计划之中并最终成为了其中的一员。同时，他和比尔之间的紧张关系也因为一次不幸的事故而产生了质的改变。

一位顾客在加森百货公司购物时，意外被老鼠咬伤。更意外的是这位顾客在4个小时后出现了严重的症状，几乎垂危。 　　 　　公司马上聘请专业的捕鼠人员进行检查和剿灭。可是检查的结果令人吃惊。在地下密布的管线中发现数以万计贪婪、残忍的老鼠。 　　 　　由于遗传基因突变，这种老鼠不仅比正常老鼠更聪明、更强壮，而且吞噬人类的新鲜血肉作为食物。同时由于老鼠的超强繁殖能力，在很短的时间内它们的数量已经达到惊人的数目。它们正试图从地下的排水管道中冲出，侵占人类生活的空间。恐怖顿时笼罩着纽约的天空。老鼠无处不在，人类无处可逃……